Un documento secreto reveló que el submarino ARA San Juan "detectó por audio el ruido de un posible submarino nuclear del Reino Unido". Fue el 9 de julio de 2017 durante una misión anterior a su desparición. Los sonidos fueron grabados y enviados a la Armada Argentina.
Por otra parte, también se conoció que un año antes de su desaparición, el buque había sido “limitado” en su “profundidad operativa” a solo “100 metros” ya que a una mayor profundidad no permitía garantizar su estanqueidad, según especifica el documento.
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El “mensaje naval” titulado “Estado Operativo-Limitaciones” del ARA San Juan fue firmado por el capitán de navío Héctor Aníbal Alonso, jefe del Estado Mayor del Comando de la Fuerza de Submarinos, y por el capitán de navío Carlos Alberto Acuña, Comandante de la Fuerza de Submarinos, entre otros.
El reporte también denuncia que, a partir del quinto día, falló el sistema de propulsión y que se mantuvo en toda la navegación. Además de perder 50 litros de aceite por día, tener a bordo 80 trajes de escape, todos vencidos, y que había 14 de las 100 pastillas que debía portar para la producción de oxígeno en caso de una emergencia.